The continuous thinning of trees is an integral part of forest management along the river, and special care is taken to leave dead wood undisturbed. The growth of native tree species that are appropriate to the location is also encouraged. Deadwood should ideally remain in sunny locations, either on the shore or in the water to promote thermophilic species such as reptiles and various species of insects. Any work deemed necessary to rejuvenate the woodlands is carried out in predefined and relatively small areas and never on a large scale that involves radical pruning. The riparian vegetation on the water’s edge serves not only as a nesting and breeding site for a multitude of birds, but also as a food source. Many wood-living insects user old trees and deadwood as their habitat. Special care is therefore taken with regard to the management of old trees to ensure that trees with cavities and insect nests are left undisturbed at sensitive times of the year. Target species such as cormorants, grey herons, black storks and white tailed eagles have all made these woodlands their home, as have a vast number of woodpeckers and other birds that nest in holes in trees. "Problem trees", which represent potential hazards to human health or infrastructure, are examined separately by external experts and assessed according to their conservation value, risk potential and structural characteristics. Recommendations are then made and the appropriate action taken

Totholz im Wasser erhöht den Strukturreichtum, bewirkt kleinräumige Veränderung der Fließgeschwindigkeit, der Sauerstoffversorgung und der Sedimentation, und hat daher eine ganz bedeutende biotische Funktion. Die ins Wasser hängende Vegetation und Totholz bietet Laichhabitate und Einstände für unterschiedlichste Fischarten und/oder Altersklassen. Umströmtes Totholz ist aber auch eine wichtige Struktur für die Eiablage von Amphibien (z.B. Krötenarten) oder für wasserbewohnende Insekten und deren Larven- und Verpuppungsstadien wie z.B. Libellen. Unterstrichen wird die Bedeutung auch dadurch, dass ca. 60 heimische Käfer nur auf Totholz im Wasser leben!

Die Donau-, March- und Thaya-Auen hat der Biber als Lebensraum erobert. Wenn auch früher wegen seines Pelzes und Fleisches gejagt, muss das vegetarische Nagetier seit den 70er Jahren die Bedrohung durch den Menschen nicht mehr fürchten. Zwar gilt er laut Roter Liste als "ungefährdet", er ist aber nach Wiener Naturschutzordnung prioritär bedeutend und in Niederösterreich und Oberösterreich streng geschützt. Als Schirmart ist der Biber für das Überleben der Flusslebensgemeinschaften von hoher ökologischer Bedeutung. Er bereichert die Gewässerfauna insbesondere durch Erhöhen der Strukturvielfalt, was eine größere Artenvielfalt zur Folge hat. Zwar bestehen im Verantwortungsbereich von viadonau weit weniger Konflikte zwischen menschlichen Nutzungen und der Lebensraumgestaltung des Bibers, in Einzelfällen sorgt das viadonau Bibermanagement aber für eine Entschärfung. So kommen Baumschutz durch Drahtgitter, Einbau von Ufersicherungen und Grabenräumungen im Falle von hochwasserbedingten Verklausungen zur Anwendung. Ist bereits Gefahr im Verzug, werden Bäume mit Biberverbiss gefällt, jedoch am Standort liegen gelassen. So bleiben dem Biber Baumaterial und Nahrung erhalten. Um Konflikte zu vermeiden, ist es außerdem sinnvoll, entsprechend breite Uferstreifen vorzusehen.