Bei der laufenden Durchforstung und Waldpflege der Baumbestände entlang des Flusslaufes wird besonders darauf geachtet, Totholz im Bestand zu belassen und eine standortgerechte heimische Baumartenzusammensetzung zu fördern. Totholz verbleibt idealerweise an besonnten Standorten, am Ufer oder im Wasser, um wärmeliebende Arten wie Reptilien und verschiedene Insekten zu fördern. Ist eine Verjüngung nötig, so geschieht dies in vordefinierten relativ kleinen Bereichen, niemals als großräumiger radikaler Rückschnitt. Die Ufervegetation am Gewässerrand dient einer Vielzahl an Vögeln als Brut- und Schlafplatz aber auch als Nahrungsgrundlage. Viele holzbewohnende Insekten bevorzugen Altbäume und Totholz als Habitat. Beim Altbaum-Management wird insbesondere darauf geachtet, Horstbäume zu belassen und Störungen in sensiblen Zeiten zu vermeiden. Zielarten wie Kormoran, Graureiher, Schwarzstorch oder Seeadler sind hier heimisch, aber auch eine Vielzahl an Spechten und anderen Höhlenbrütern. "Problembäume", die mögliche Gefährdungen für Mensch oder Infrastruktur darstellen, werden separat von externen Gutachtern geprüft und nach ihrem Naturschutzwert, Gefahrenpotential und Strukturmerkmalen beurteilt. Entsprechende Handlungsempfehlungen werden davon abgeleitet und umgesetzt.

Totholz im Wasser erhöht den Strukturreichtum, bewirkt kleinräumige Veränderung der Fließgeschwindigkeit, der Sauerstoffversorgung und der Sedimentation, und hat daher eine ganz bedeutende biotische Funktion. Die ins Wasser hängende Vegetation und Totholz bietet Laichhabitate und Einstände für unterschiedlichste Fischarten und/oder Altersklassen. Umströmtes Totholz ist aber auch eine wichtige Struktur für die Eiablage von Amphibien (z.B. Krötenarten) oder für wasserbewohnende Insekten und deren Larven- und Verpuppungsstadien wie z.B. Libellen. Unterstrichen wird die Bedeutung auch dadurch, dass ca. 60 heimische Käfer nur auf Totholz im Wasser leben!

Die Donau-, March- und Thaya-Auen hat der Biber als Lebensraum erobert. Wenn auch früher wegen seines Pelzes und Fleisches gejagt, muss das vegetarische Nagetier seit den 70er Jahren die Bedrohung durch den Menschen nicht mehr fürchten. Zwar gilt er laut Roter Liste als "ungefährdet", er ist aber nach Wiener Naturschutzordnung prioritär bedeutend und in Niederösterreich und Oberösterreich streng geschützt. Als Schirmart ist der Biber für das Überleben der Flusslebensgemeinschaften von hoher ökologischer Bedeutung. Er bereichert die Gewässerfauna insbesondere durch Erhöhen der Strukturvielfalt, was eine größere Artenvielfalt zur Folge hat. Zwar bestehen im Verantwortungsbereich von viadonau weit weniger Konflikte zwischen menschlichen Nutzungen und der Lebensraumgestaltung des Bibers, in Einzelfällen sorgt das viadonau Bibermanagement aber für eine Entschärfung. So kommen Baumschutz durch Drahtgitter, Einbau von Ufersicherungen und Grabenräumungen im Falle von hochwasserbedingten Verklausungen zur Anwendung. Ist bereits Gefahr im Verzug, werden Bäume mit Biberverbiss gefällt, jedoch am Standort liegen gelassen. So bleiben dem Biber Baumaterial und Nahrung erhalten. Um Konflikte zu vermeiden, ist es außerdem sinnvoll, entsprechend breite Uferstreifen vorzusehen.